Bruce Wayne (Christian Bale) rampollo multimilionario traumatizzato dalla morte dei suoi genitori per mano di un rapinatore, viaggia in lungo e il largo per il mondo con un fardello oscuro che lo opprime e un desiderio di vendetta inappagato. Durante la forzosa permanenza in una prigione cinese Wayne incontra un misterioso uomo che gli prometterà l’agognata vendetta in cambio di cieca obbedienza e di un duro percorso di conoscenza.
Wayne entrerà così a far parte della famigerata Setta delle tenebre, manipolo di guerrieri capeggiati da R’as Al Ghul (Ken Watanabe) che si prefige lo scopo di eliminare il marcio nella società, scopo nobile che Wayne abbraccia iniziando un duro addestramento che ne farà un temibile guerriero e gli permetterà di confrontarsi con le sue paure inconsce.
Wayne tornerà nella sua Gotham City scoprendola degradata e in balia della criminalità, la banda del boss malavitoso Carmine Falcone (Tom Wilkinson) regna incontrastata sulla città, mentre la legge è inerme di fronte a corruzione e violenza. Così Wayne si armerà e forte degli insegnamenti della setta darà un volto alla sua paura indossando la maschera del cavaliere oscuro Batman, per contrastare Falcone e un nuovo e pericoloso supercriminale in cerca di gloria e visibilità, il folle Spaventapasseri (Cillian Murphy).