1327, in un’antica e sperduta abbazia benedettina del nord-Italia si susseguono una serie di morti alquanto bizzarre, ognuna con peculiarità ben specifiche, così dopo l’ennesimo corpo ritrovato senza vita, paura e sospetto serpeggiano tra i monaci che cominciano a pensare che nelle morti ci sia lo zampino del Maligno.
Il provvidenziale arrivo nell’abbazia del francescano Guglielmo da Baskerville (Sean Connery) in compagnia del novizio Adso (Christian Slater), farà si che gli siano affidate le indagini relative ai misteriosi decessi direttamente dall’abate, che conosce l’esperienza sul campo del monaco conosciuto come un fine e dotto indagatore.
Guglielmo capirà da subito che gli omicidi non hanno alcuna impronta demoniaca e comincerà ad indagare tra i monaci, tutti spaventati e a quanto pare con qualcosa da nascondere, ma due suicidi sospetti e la scoperta di attività eretiche nel convento lo condurranno verso la soluzione del caso…