In un cupo futuro post-apocalittico la follia della guerra ha corrotto gli uomini e le macchine, trasformando il pianeta in una sconfinata landa desolata dove il genere umano è estinto e le macchine regnano su uno scenario di devastazione. 9 una piccola meraviglia tecnologica che miscela l’aspetto di una bambola di pezza con l’intelligenza di un robot senziente, si riveglia in un laboratorio senza avere coscienza ne di chi sia, ne di quale sia lo scopo della sua creazione.
Ben presto 9 scoprirà una piccola comunità di suoi simili che si nasconde per sopravvivere agli ultimi esemplari di macchine belliche senzienti, e cercherà di smuoverne le coscienze spinto dal desiderio di trovare delle risposte riguardo lo scopo della loro creazione, e ad aiutarlo in questa ricerca l’amico 2 e la combattiva e ribelle 7.
Purtroppo il bisogno impellente di risposte che assilla 9 e la sua noncuranza del pericolo incombente, farà si che quest’ultimo risvegli involontariamente la macchina originale, colei che all’origine della guerra, ribellatasi ai suoi creatori aveva contribuito all’Apocalisse del genere umano, così la piccola comunità di nuovo in pericolo sarà costretta a lasciare il suo rifugio cercando di sfuggire alla macchina devastatrice, mentre 9 nonostante la rischiosa situazione non rinuncerà a cercare indizi sul creatore, e su un misterioso talismano che sembra essere la chiave del mistero.