Durante la seconda guerra mondiale la Grecia viene invasa dalle forze alleate dell’Asse (Germania nazista, Giappone e Italia), ed il sud del paese viene messo sotto il controllo dell’esercito italiano. la giovane e bella Pelagia (Penelope Cruz) figlia del medico Iannis (John Hurt) è fidanzata con il pescatore Madras (Christian Bale) il quale parte per il fronte albanese per combattere l’esercito italiano.
Dal fronte le lettere dell’amato si fanno sempre più rare ed il sentimento di Pelagia lentamente si affievolisce, nel frattempo i tedeschi occupano Atene e l’esercito italiano arriva a Cefalonia. Tra i soldati Pelagia conosce il capitano Corelli (Nicolas Cage), un tipo molto romantico, più propenso alla bella musica ed al suo mandolino che alla guerra.
1943, dopo l’armistizio dell’8 settembre all’esercito italiano viene imposto dai nazisti di deporre le armi in cambio del rimpatrio, in seguito al loro rifiuto i tedeschi decimeranno la truppa italiana e fucileranno i soldati superstiti, Corelli grazie ad un amico riesce a scampare alla strage.