L’agente segreto Ethan Hunt (Tom Cruise) ha lasciato le missioni operative, ora lavora come addestratore delle nuove reclute dell’IMF (Mission Impossible Force), ora la sua unica preoccupazione è rendere felice la sua compagna, una bella infermiera e tenere ben nascosta la vera natura del suo lavoro.
Durante la festa di fidanzamento di Hunt, l’agenzia gli chiede di partecipare ad un’ultima missione per recuperare una recluta da lui stesso addestrata, l’agente Lindsay Farris (Keri Russell) caduta nelle mani del nemico in quel di Berlino ed in possesso di informazioni vitali per l’agenzia.
Hunt, sentendosi in parte responsabile della sua allieva, accetta, ma qualcosa va storto, la missione è un fallimento, dopo uno scontro a fuoco e una fortunosa fuga, la giovane agente muore tra le braccia di Hunt rivelandogli prima di morire che c’è una falla nell’IMF.