Harvey Milk (Sean Penn) è un uomo non molto soddsfatto della sua vita, costretto a nascondere la sua omosessualità vive imbrigliato in un sistema che tenta di distruggerne personalità e sogni, soffocandone le ambizioni.
Molte relazioni disastrose e a volte con esiti tragici hanno segnato la vita sentimentale di Harvey che sente il bisogno al compimento dei suoi 40 anni di cambiare la propria vita ed uscire allo scoperto, lottando contro il sistema, dal suo interno, e dopo aver saggiato l’intolleranza di alcuni personaggi del quartiere, nonchè delle forze dell’ordine, in seguito all’apertura del suo negozio di fotografia, in quel di San Francisco, Milk decide di candidarsi come consigliere comunale.
I primi anni sono duri e pieni di delusioni, ma ad ogni elezione Milk si ripresenta rosicchiando consensi e facendosi voce della grande massa silenziosa di omosessuali costretti a difendersi da leggi che ne ledono i diritti fondamentali, fino ad una vera e propria caccia alle streghe portata avanti da due personaggi ultraconservatori nel 1978, l’attivista Anita Bryant e l’allora Senatore della California John Briggs (Dennis O’Hare).