Nel 2089 gli archeologi Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) e Charlie Holloway (Logan Marshall-Green) scoprono una mappa stellare che accomuna varie culture antiche non collegate tra loro. La coppia di studiosi interpreta questa scoperta come un invito a visitare quelle coordinate e a far luce sui precursori degli esseri umani. Peter Weyland (Guy Pearce), anziano amministratore delegato della Weyland Corporation, finanzia la costruzione dell’astronave Prometheus, un vascello scientifico che seguirà le indicazioni dei due archeologi che condurranno sulla luna LV-223.
Giunto a destinazione l’equipaggio, una volta uscito dal sonno indotto dalla stasi, sarà accolto da David (Michael Fassbender) un sofisticatissimo androide che ha vegliato su di loro durante l’intero viaggio. Approdati sul planetoide nel 2093 un team scenderà in esplorazione sulla superficie per affrontare quello che potrebbe rivelarsi l’evento scientifico più importante dell’intera storia del genere umano, capace di portare l’uomo ad un livello superiore di consapevolezza e di comprensione dell’universo stesso, rispondendo a quesiti irrisolti che da sempre circondano l’essere umano e la sua unicità.