Nel 1964 nella rigorosa scuola cattolica di St. Nicholas a New York, viene accolto il primo ragazzo di colore, Donald Miller (Joseph Foster). Mentre tutti i compagni sembrano ignorarlo, Padre Flynn (Philip Seymour Hoffman) prete progressista, che ritiene necessario che gli uomini di chiesa si trasformino da educatori ad amici dei ragazzi, lo prende sotto la sua ala protettiva.
Le sue attenzioni nei confronti del ragazzino sembrano strane all’ultima insegnante arrivata, Sorella James (Amy Adams), che rivela il suo dubbio nei riguardi dell’amato prete della parrocchia a Sorella Aloysius Beauvier (Meryl Streep), rigida conservatrice.
Le accuse che vengono rivolte a Padre Flynn sono le peggiori che si possano attribuire ad un uomo in abito talare: le supposizioni di Sorella James, che ha visto una maglietta del ragazzino nell’armadietto dell’uomo, dopo aver visto l’espressione dello stesso turbata e ha sentito l’alito che puzzava d’alcol, fanno pensare ad un atto di pedofilia. Ciò porta Sorella Aloysius a cercare in tutti i modi di allontanare il prete dalla parrocchia, seppur le sue accuse, si basino solo su un dubbio.