Dopo un incipit che ci mostra gli esperimenti nucleari del governo francese nei pressi si alcuni isolotti polinesiani, scopriremo che un gigantesco rettile figlio di quegli esperimenti, e mutazione genetica decisamente abnorme, sta seguendo un percorso che sembra portarlo dritto dritto verso la città di New York.
Sulle sue tracce un agente dei servizi segreti francesi Philippe Roachè (Jean Reno), l’esercito degli Stati Uniti e un team di scienziati tra i quali Niko Tatopoulous (Matthew Broderick) esperto di mutazioni da radiazioni, che ben presto capirà che la minaccia che ha di fronte è piu gigantesca e letale di qualsiasi cosa abbia mai studiato.
Infatti giunto a New York il nostro Godzilla, come lo ha nel frattempo soprannominato l’unico sopravvissuto ad un devastante naufragio causato dal mostro al largo delle coste giapponesi, semina distruzione e panico in quel di Manhattan, mentre l’esercito tenta invano di abbatterlo irritando ulteriormente l’animale che reagirà amplificando la devastazione.