Sheeta, una giovane ragazza rapita da un agente del governo, riesce a fuggire quando alcuni pirati assaltano l’aeronave su cui sta viaggiando, ma ben presto la ragazza scoprirà che anche i pirati la stanno braccando, intenzionati ad impadronirsi della pietra che porta intorno al collo che sembra celare un grande potere. Sheeta dopo una rocambolesca fuga verrà trovata priva di sensi da Pazu, un ragazzo orfano che lavora in una miniera. Pazu proteggerà con tutte le sue forze la ragazza, sia dal governo che dai pirati, per scoprire in seguito che la pietra che tutti bramano di possedere arriva dalla leggendaria isola volante di Laputa, luogo che il padre di Pazu ha visto e fotografato e che molti pensano sia solo una favola. Così Pazu per salvare Sheeta, che nel frattempo si è sacrificata per proteggerlo dall’esercito governativo, farà un patto con i pirati e si alleerà con loro per salvare Sheeta, recuperare la pietra e provare che Laputa esiste veramente.
