Nell’incipit faremo la conoscenza di un Erik Lensherr futuro Magneto (Michael Fassbender) ancora adolescente che durante la deportazioni naziste del ’44 incontra il Dr. Schmidt (Kevin Bacon) che intuite le potenti capacità mutanti del ragazzo ne uccide la madre a sangue freddo, scatenando in lui un bisogno feroce di vendetta che lo porterà nel successivo ventennio a viaggiare da un continente all’altro a caccia di nazisti, sperando di rintracciare Schimdt e avere la sua vendetta.
Nel frattempo in Inghilterra il brillante studente in genetica Charles Xavier futuro Professor X (James McAvoy) insieme alla mutaforma Raven futura Mystica (Jennifer Lawrence) cresciuta con lui al pari di una sorella minore, si ritrova reclutato dalla CIA per dare la caccia proprio a Schimdt che nel frattempo ha cambiato identità assumendo l’alias Sebastian Shaw, ha sviluppato un immenso potere e ha intenzione con la sua cricca di mutanti votati al lato oscuro di far scoppiare la terza guerra mondiale, dando il via alla tristemente nota Crisi dei missili di Cuba.
Da una parte avremo Xavier che pensa che la razza umana non sia in toto un nemico da distruggere e spera in una convivenza all’insegna della tolleranza tra umani e mutanti, dall’altra c’è il megalomane Shaw che vuole accelerare ciò che madre natura potrebbe impiegare centinaia di anni a mettere in atto, l’estinzione di massa di una razza obsoleta per far spazio ad una nuova razza dominante, naturalmente mutante.