Il pesce pagliaccio Marlin ha alle spalle un trauma difficle da superare, la sua prole e la sua compagna sono stati divorati da un barracuda, tranne il piccolo Nemo, unico figlio sopravvissuto su cui Marlin riversa tutte le sue fobie e insicurezze latenti, diventando un padre iperprotettivo e soffocante.
Nemo oltre al padre ha anche un problema ad una pinna, le due cose sommate fanno del suo quotidiano e del confronto con i suoi compagni di scuola ed amici un continuo problema, così un bel giorno il disagio si palesa con un atto di ribellione verso il padre che porterà Nemo a commettere un’imprudenza e ad essere catturato da un sub.
Inizierà cosi per Marlin una lunga e perigliosa ricerca che lo porterà ad affrontare una vera e propria odissea sottomarina, incontrando strambi e simpatici amici, schivando al contempo pericolosi predatori, superando così le sue paure con il solo scopo di recuperare il figlioletto, finito nel frattempo nell’acquario di un dentista.